Cytoscape軟件功能

      支持多種標(biāo)準(zhǔn)

      Cytoscape支持很多標(biāo)準(zhǔn)的網(wǎng)絡(luò)和注釋文件格式，包括：SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 還支持限定的文本文件和MS Excel? Workbook，您可以導(dǎo)入由其他應(yīng)用程序或電子表格程序生成的數(shù)據(jù)文件，如表達(dá)譜或GO注釋。使用該功能，您可以加載和保存節(jié)點(diǎn)、邊和網(wǎng)絡(luò)上的任意屬性。例如，為您的蛋白質(zhì)輸入一組自定義注釋術(shù)語(yǔ)，為您的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用創(chuàng)建一組置信值。

      公共數(shù)據(jù)庫(kù)客戶端

      Cytoscape是作為一個(gè)網(wǎng)絡(luò)服務(wù)客戶端工作的，這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數(shù)據(jù)庫(kù)，導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)和注釋數(shù)據(jù)。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數(shù)據(jù)庫(kù)，并導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)和注釋數(shù)據(jù)。目前，我們支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續(xù)為熱門數(shù)據(jù)庫(kù)開發(fā)新的服務(wù)客戶端。

      互操作性

      由于Cytoscape支持導(dǎo)入/導(dǎo)出標(biāo)準(zhǔn)文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個(gè)由 igraph 或 Bioconductor 生成的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載，并以 PSI-MI 格式導(dǎo)出，供其他生物信息學(xué)工具或你自己的應(yīng)用程序/腳本使用。

      從 3.3 版本開始，Cytoscape 支持 RESTful API 的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語(yǔ)言來(lái)訪問Cytoscape的核心功能，如創(chuàng)建網(wǎng)絡(luò)，應(yīng)用布局，或圖像導(dǎo)出。

      會(huì)話文件

      你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設(shè)置、數(shù)據(jù)文件和可視化都打包在一個(gè)會(huì)話文件中。它被稱為Cytoscape會(huì)話(.cys)文件。Cytoscape 會(huì)話文件包括網(wǎng)絡(luò)、屬性(節(jié)點(diǎn)/邊緣/網(wǎng)絡(luò))、桌面狀態(tài)(選擇/隱藏節(jié)點(diǎn)和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態(tài)和可視化風(fēng)格。

      布局

      在二維空間布局網(wǎng)絡(luò)。 有多種布局算法可供選擇，包括循環(huán)、樹形、力導(dǎo)向、邊緣加權(quán)和yFiles有機(jī)布局。您也可以使用類似于其他圖形應(yīng)用程序用戶界面的手動(dòng)布局工具。

      圖像導(dǎo)出

      您可以將網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)出為可發(fā)布的高質(zhì)量圖像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量圖像(PDF和PS)可以通過其他應(yīng)用程序(如Adobe **)進(jìn)行修改，以進(jìn)一步增強(qiáng)。

      VizMapper

      使用強(qiáng)大的VisualStyles自定義網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)顯示。在網(wǎng)絡(luò)上查看基因表達(dá)比和p值的疊加。 表達(dá)數(shù)據(jù)可以根據(jù)用戶配置的顏色和可視化方案，映射到節(jié)點(diǎn)顏色、標(biāo)簽、邊界厚度或邊界顏色等。

      篩選

      過濾網(wǎng)絡(luò)，以根據(jù)當(dāng)前數(shù)據(jù)選擇節(jié)點(diǎn)和/或相互作用的子集。 例如，用戶可以根據(jù)基因表達(dá)數(shù)據(jù)加載的p值，選擇參與交互的閾值數(shù)量的節(jié)點(diǎn)、共享特定GO注釋的節(jié)點(diǎn)，或在一個(gè)或多個(gè)條件下基因表達(dá)水平發(fā)生顯著變化的節(jié)點(diǎn)。您可以從過濾結(jié)果中創(chuàng)建新的網(wǎng)絡(luò)。

      檢索

      從搜索窗口搜索目標(biāo)節(jié)點(diǎn)和邊。Lucene語(yǔ)法支持任意復(fù)雜的查詢。

      瀏覽

      放大/縮小和平移瀏覽網(wǎng)絡(luò)。使用網(wǎng)絡(luò)管理器可以輕松組織多個(gè)網(wǎng)絡(luò)。而且這種結(jié)構(gòu)可以保存在會(huì)話文件中。使用鳥瞰圖輕松瀏覽大型網(wǎng)絡(luò)。通過高效的渲染引擎輕松瀏覽大型網(wǎng)絡(luò)(100,000+節(jié)點(diǎn)和邊)。

      查找模塊/集群

      尋找活躍的子網(wǎng)絡(luò)/途徑模塊。根據(jù)基因表達(dá)數(shù)據(jù)對(duì)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行篩選，找出相互作用的連接集，即相互作用子網(wǎng)絡(luò)，其基因表現(xiàn)出特別高的差異表達(dá)水平。 每個(gè)子網(wǎng)絡(luò)中包含的相互作用為控制觀察到的表達(dá)變化的調(diào)控和信號(hào)傳導(dǎo)相互作用提供了假設(shè)。在任何加載到Cytoscape中的網(wǎng)絡(luò)中找到簇(高度相互連接的區(qū)域)。根據(jù)網(wǎng)絡(luò)的類型，簇的含義可能不同。例如，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的簇已被證明是蛋白質(zhì)復(fù)合物和途徑的一部分。蛋白質(zhì)相似性網(wǎng)絡(luò)中的簇代表蛋白質(zhì)家族。

      應(yīng)用管理器和應(yīng)用商店

      可用于網(wǎng)絡(luò)和分子輪廓分析的App。Cytoscape是一個(gè)用Java編寫的軟件，你可以通過編寫Java代碼來(lái)編寫自己的App進(jìn)行數(shù)據(jù)分析、導(dǎo)入和可視化。更多的Apps可以在Cytoscape App Store中找到。你可以在App Manager中一鍵安裝大部分Apps，或者直接從App Store中安裝(這是Cytoscape 3的一個(gè)功能)。

Cytoscape軟件特色

      Cytoscape軟件使用可縮放的用戶界面來(lái)導(dǎo)航和查看網(wǎng)絡(luò)。ZUIs使用兩種導(dǎo)航機(jī)制:縮放和平移。縮放根據(jù)用戶想要看到的內(nèi)容的多少或多少來(lái)增加或減少視圖的放大

      節(jié)點(diǎn)和邊緣列數(shù)據(jù)

      交互網(wǎng)絡(luò)作為獨(dú)立的模型是有用的。然而，當(dāng)與其他信息結(jié)合在一起時(shí)，它們對(duì)于回答科學(xué)問題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節(jié)點(diǎn)、邊緣和網(wǎng)絡(luò)信息作為節(jié)點(diǎn)/邊緣/網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)列添加到Cytoscape中

      Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過應(yīng)用程序擴(kuò)展。它們可以以各種方式擴(kuò)展細(xì)Cytoscape。一個(gè)應(yīng)用程序可以從在線數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)入數(shù)據(jù)。另一個(gè)應(yīng)用程序可以提供一種分析網(wǎng)絡(luò)的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之后安裝應(yīng)用程序。大多數(shù)應(yīng)用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開發(fā)的。

      如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細(xì)Cytoscape應(yīng)用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開始，我們稱之為應(yīng)用。

Cytoscape使用說(shuō)明

      一、輸入文件

      支持多種輸入格式，可以保存工程文件，支持多種布局的方式，支持導(dǎo)出圖像，樣式可以做豐富的調(diào)整，智能的選擇過濾。

      1、 edge文件格式：

      tsv(制表符分隔的txt是一樣的)，csv(逗號(hào)分隔的)，xls，xlsx文件等,一般兩種tsv文件就足夠我們使用了。下面就是一個(gè)典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原節(jié)點(diǎn)，第三列是目標(biāo)節(jié)點(diǎn)，第二列是兩者的相互作用關(guān)系，這里的作用關(guān)系標(biāo)示了不同類型，在后面的網(wǎng)絡(luò)設(shè)置中大家可以看到它的妙處，而這里的source與target都是數(shù)字，怎樣轉(zhuǎn)換為我們想看到的基因名字呢，這里也是先留一個(gè)問題，后面解釋。

      2、 node屬性文件

      可以導(dǎo)入，可以用來(lái)解決我們上面的問題，將edge文件中的數(shù)字替換成可視化的簡(jiǎn)單的基因名字。

      二、導(dǎo)入數(shù)據(jù)

      可以點(diǎn)擊上面的物種名字選擇一個(gè)實(shí)例來(lái)學(xué)習(xí)，也可以直接選擇空的network用來(lái)導(dǎo)入數(shù)據(jù)，例如我選擇了Arabidopsis，就出現(xiàn)了如下的界面，圖示的是一個(gè)已經(jīng)做好的網(wǎng)絡(luò)的例子：

      用戶界面

      1、 導(dǎo)入數(shù)據(jù)

      2、 導(dǎo)入屬性文件

      3、 布局

      三、高級(jí)功能

      1、調(diào)整樣式

      (1)基本樣式

      (2)節(jié)點(diǎn)樣式

      (3)邊樣式

      2、改節(jié)點(diǎn)名稱

      3、改邊的顏色

      4、調(diào)控網(wǎng)絡(luò)各項(xiàng)指標(biāo)統(tǒng)計(jì)

      得到的結(jié)果會(huì)出現(xiàn)在一個(gè)新的面板當(dāng)中：

      5、改變節(jié)點(diǎn)大小

      這里需要強(qiáng)調(diào)很重要的一點(diǎn)是，在對(duì)這里的改變節(jié)點(diǎn)大小進(jìn)行操作之前，如果是想通過節(jié)點(diǎn)連接的邊的數(shù)量進(jìn)行梯度設(shè)定的話，是必須要進(jìn)行上面第四步的統(tǒng)計(jì)分析的，否則沒有Degree選項(xiàng)出現(xiàn)：

      雙擊上面梯度設(shè)置的區(qū)域可以出來(lái)控制面板進(jìn)行修改：

      四、選擇過濾

      1、節(jié)點(diǎn)的選擇

      2、子網(wǎng)絡(luò)的選擇與分離

      六、導(dǎo)出圖片

      數(shù)據(jù)的導(dǎo)出可以是網(wǎng)絡(luò)文件，表格文件或者是圖片文件，圖片文件包括多種圖片格式以及pdf格式，對(duì)比圖標(biāo)的形態(tài)，下圖所示的左側(cè)兩個(gè)是快速導(dǎo)入文件的圖標(biāo)：

      生物信息分析軟件(Cytoscape) 七、表達(dá)分析

      Cytoscape還可以導(dǎo)入基因的表達(dá)值，將不同的表達(dá)值進(jìn)行顏色的梯度展示，由于我的分析沒有這部分?jǐn)?shù)據(jù)所以將網(wǎng)絡(luò)上學(xué)到的圖片做了幾個(gè)截圖：

      八、其它

      Cytoscape提供了很多外接的數(shù)據(jù)庫(kù)，右鍵點(diǎn)擊相應(yīng)節(jié)點(diǎn)，出現(xiàn)的選項(xiàng)里面選擇externallinks，里面有以下所示連接的數(shù)據(jù)庫(kù)：

      此外，基于大量功能強(qiáng)大的插件的開發(fā)，以下的功能也很全面：

      GO分析：BiNGO

      Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等

      模塊與復(fù)合物分析：jActiveModules+BiNGO

常見問題

問題描述：

導(dǎo)入數(shù)據(jù)時(shí)出現(xiàn)錯(cuò)誤，如無(wú)法識(shí)別文件格式或數(shù)據(jù)不完整。

解決方案：

確保下載的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)格式符合CiteSpace的要求，通常是Refworks、EndNote等格式的txt文件，且文件名需以特定前綴（如“download_”）開頭。

檢查數(shù)據(jù)文件是否完整，包括必要的字段如作者、標(biāo)題、摘要、關(guān)鍵詞、發(fā)表年份等。

如果使用Web of Science或CNKI等數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)出數(shù)據(jù)，請(qǐng)確保按照CiteSpace的要求進(jìn)行格式選擇和導(dǎo)出。

Cytoscape更新日志

      1.對(duì)部分功能進(jìn)行了優(yōu)化

      2.解了好多不能忍的bug