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Cytoscape功能介紹
1、支持多種分析方式，可以選擇分析網絡。
2、Cytoscape軟件支持分析節點的子集、批次分析、加載網絡統計信息
3、繪制參數、從統計信息生成樣式
4、使用可擴展對話框界面顯示網絡統計信息
5、在節點表中存儲節點參數、在邊緣表中存儲邊緣參數
6、明亮的顏色映射標準 ameters、暗色映射標準 ameters、中間顏色映射標準 ameters
7、NetworkAnalyzer、Cytoscape 網絡瀏覽器
8、合并流程、作業狀態監視器、命令行對話框、執行命令文件
9、選定的節點、帶有選項的選定節點、命令行參數
10、Cytoscape 的快速游覽、創建網絡、嵌套網絡
11、支持的網絡文件格式、節點和邊列數據
12、風格、應用程序管理器、命令工具、渲染引擎、導出數據
13、Cytoscape 和 OpenCL、Cytoscape.js 和Cytoscape 自動化
Cytoscape軟件特色
Cytoscape軟件使用可縮放的用戶界面來導航和查看網絡。ZUIs使用兩種導航機制:縮放和平移?？s放根據用戶想要看到的內容的多少或多少來增加或減少視圖的放大
節點和邊緣列數據
交互網絡作為獨立的模型是有用的。然而，當與其他信息結合在一起時，它們對于回答科學問題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節點、邊緣和網絡信息作為節點/邊緣/網絡數據列添加到Cytoscape中
Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過應用程序擴展。它們可以以各種方式擴展細Cytoscape。一個應用程序可以從在線數據庫導入數據。另一個應用程序可以提供一種分析網絡的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之后安裝應用程序。大多數應用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開發的。
如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細Cytoscape應用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開始，我們稱之為應用。
Cytoscape使用說明
一、輸入文件
支持多種輸入格式，可以保存工程文件，支持多種布局的方式，支持導出圖像，樣式可以做豐富的調整，智能的選擇過濾。
1、 edge文件格式：
tsv(制表符分隔的txt是一樣的)，csv(逗號分隔的)，xls，xlsx文件等,一般兩種tsv文件就足夠我們使用了。下面就是一個典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原節點，第三列是目標節點，第二列是兩者的相互作用關系，這里的作用關系標示了不同類型，在后面的網絡設置中大家可以看到它的妙處，而這里的source與target都是數字，怎樣轉換為我們想看到的基因名字呢，這里也是先留一個問題，后面解釋。
2、 node屬性文件
可以導入，可以用來解決我們上面的問題，將edge文件中的數字替換成可視化的簡單的基因名字。
二、導入數據
可以點擊上面的物種名字選擇一個實例來學習，也可以直接選擇空的network用來導入數據，例如我選擇了Arabidopsis，就出現了如下的界面，圖示的是一個已經做好的網絡的例子：
用戶界面
1、 導入數據
2、 導入屬性文件
3、 布局
三、高級功能
1、調整樣式
(1)基本樣式
(2)節點樣式
(3)邊樣式
2、改節點名稱
3、改邊的顏色
4、調控網絡各項指標統計
得到的結果會出現在一個新的面板當中：
5、改變節點大小
這里需要強調很重要的一點是，在對這里的改變節點大小進行操作之前，如果是想通過節點連接的邊的數量進行梯度設定的話，是必須要進行上面第四步的統計分析的，否則沒有Degree選項出現：
雙擊上面梯度設置的區域可以出來控制面板進行修改：
四、選擇過濾
1、節點的選擇
2、子網絡的選擇與分離
六、導出圖片
數據的導出可以是網絡文件，表格文件或者是圖片文件，圖片文件包括多種圖片格式以及pdf格式，對比圖標的形態，下圖所示的左側兩個是快速導入文件的圖標：
生物信息分析軟件(Cytoscape) 七、表達分析
Cytoscape還可以導入基因的表達值，將不同的表達值進行顏色的梯度展示，由于我的分析沒有這部分數據所以將網絡上學到的圖片做了幾個截圖：
八、其它
Cytoscape提供了很多外接的數據庫，右鍵點擊相應節點，出現的選項里面選擇externallinks，里面有以下所示連接的數據庫：
此外，基于大量功能強大的插件的開發，以下的功能也很全面：
GO分析：BiNGO
Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等
模塊與復合物分析：jActiveModules+BiNGO
Cytoscape更新日志
1.修正了其它bug;
2.優化了軟件的兼容性。
華軍小編推薦：
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