注意事項：
有時候在mac軟件的下載安裝中會遇到報錯，現在華軍小編來給大家整理較為常見的報錯情況并做出解答，有遇到報錯的朋友可以參考如下方案：
1、“xxx軟件已損壞，無法打開，你應該將它移到廢紙簍”
2、“打不開xxx軟件，因為Apple無法檢查其是否包含惡意軟件”
3、“打不開...軟件，因為它來自身份不明的開發者”
解決方案如下：
1、在自己的Mac電腦設置開啟任何來源。
2、如果開啟任何來源無法解決報錯的情況，則表明該應用受到蘋果針對應用未簽名的限制，需要通過執行命令行代碼來繞過應用簽名認證。 執行命令繞過ios的公證Gatekeeper。
3、如果上述兩種方法都沒有奏效，那么需要關閉SIP系統完整性保護。
Geneious For Mac軟件功能
1、NGS分析和基因組學
使用行業領先的算法，包括TopHat和Velvet，Illumina、PacBio或Torrent讀數(任何長度、成對端、條形碼)的從頭組裝或參考映射。對數據的綜合分析，包括基因組瀏覽器、持續的可視化、SNP調用和RNA-Seq表達式分析。
2、序列圖和色譜分析
修剪、組裝和查看Sanger排序跟蹤文件，正確的堿基調用并創建一致的序列。基因預測、模式、翻譯和變異調用的自動標注?；蛐臀⑿l星跟蹤自動梯擬合和峰值調用和生成等位基因表。
3、對齊和樹構建
使用包括MAFFT和ClustalW在內的可信算法對DNA或蛋白質進行成對和多種比對。查看和編輯實時翻譯和突出顯示。使用包括RAxML和PAUP在內的同行評審算法構建系統樹，并為公開準備的圖形調整顯示設置。
4、分子克隆
查看質粒圖，自動注釋矢量并用注釋復制粘貼序列。尋找限制站點、消化、連接和執行Golden Gate，Gibson和Gateway克隆。設計引物，找到CRISPR站點并優化密碼。在克隆過程中跟蹤歷史和親子后代譜系。
5、搜索、共享和自動化
針對NCBI進行批量BLAST，并直接搜索GenBank。使用無縫集成的共享庫集中和協作數據。導入和導出大多數行業標準文件格式。建立自動化的工作流程，以提高效率，控制業務流程，并減少您的研究中的人為錯誤。
6、SnapGene文件導出
將SnapGene*.dna序列文件拖放到Geneious中，無縫地導入序列及其注釋和其他元數據。
7、CRISPR-CPF1特異性評分
自信地選擇最佳CRISPR-CPF1引導RNA位點使用新的特異性評分，這是根據對您選擇的數據庫的非目標分析計算出來的。
8、智能NGS導入
只需一個簡單的步驟就可以將任何類型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中，即使您有不同的樣品和參考序列的混合物。
9、CRISPR Cpf1選項
添加了CRISPR-CPF1與5’PAM位點的支持。在A和T豐富序列中找到位點，并在體內具有更高的裂解效率。
10、RNA-Seq表達分析的火山圖
在交互式火山圖中可視化基因表達，可以用來突出和跳轉到差異表達基因。
11、限制性位點無表型突變分析
自動識別在不影響蛋白質的情況下引入限制位點的編碼序列中的點突變。
12、漂亮的PCA圖
具有更好的標簽和新的可視化選項，創建漂亮的PCA圖形。
13、創建酶制劑
不再從其他來源獲取信息。現在您可以很容易地創建您自己的酶組。
14、更好的FASTQ導入功能
在導入過程中，成對讀取可以相互關聯，而Geneious會猜出它們是如何配對的。還可以設置讀取技術。
15、為細菌基因組比對更新Mauve插件
現在包括對序列列表的支持和用于重新排序重疊群的MCM操作，使draft基因組對齊和進行基因組整理成為可能。
16、更好的BLAST服務器管理
一次設置多個BLAST服務器鏡像，每次搜索時，選擇最好的一個。不用每次切換鏡像。
17、NCBI BLAST云支持
有了NCBI BLAST云之后，設置您自己的BLAST鏡像變得更為簡單。如果您以這種方式創建一個鏡像，Geneious可以與它連接起來。
18、按索引連接
連接序列列表并按索引對齊，而不是按照名稱對齊，這對于合并不完全重疊的成對讀取非常有用。
19、序列列表的CSV/TSV導出
將序列表中的所有序列連同它們的元數據一起導出到CSV或TSV中，這樣您就可以將它們放在Excel中或類似的情況下進行進一步分析。
Geneious For Mac軟件特色
Geneious結合了所有主要的生物信息學分析工具。 Geneious提供一個免費的學術使用的基本版本，一個提供更多功能的付費商業增強版本.
序列比對和序列觀看
Motif搜索和開放讀碼框(ORF)
進化樹建設UPGMA，NJ bootstrapping和consensus trees
Contig assembly和色譜編輯
限制性內切酶分析
PCR引物設計
蛋白質結構的觀看
整合數據庫-集成檢索與GenBank，PubMed，BLAST和UniProt
通過互聯網協作和共享數據
生物信息教學-創建教程與直接聯系的材料
公共API開發，由社區開發的生物信息學的免費插件
各種標準的生物信息學等應用工具ClustalW，MrBayes，EMBOSS,PAUP和Mauve。
Geneious For Mac使用說明
1、打開geneious
2、初始界面如下圖：
3、Alignment可用于比對，tree建樹，assembly拼接。 序列拼接
右鍵點擊local，創建新文件夾，測序公司提供*.abi格式文檔，可直接拖動，或者file-import。 導入完成后結果如圖
4、為了準確可再次導入一個參考序列。
5、選擇需要拼接的序列和參考序列進行assembly，(示例：DTH8和DTH8-13F/R)，彈出窗口
6、參考序列為DTH8(自動識別)，選擇不要剪切----ok。拼接完成圖
7、按住ctrl，向上滾動鼠標即可放大，與參考序列一致顏色不變
8、與參考序列不一致顏色藍色
9、此時選擇上面的峰，第一個不一致處，多出一個G，點擊allow editing，光標變為綠色，將其放在consensus上，刪除“-”
10、下面一行的G則被刪除，序列校正過后再點擊allow editing，如圖
11、下一處不同豎著看--A--A---,選擇A，不需要修改。
整個序列校正完畢后，點擊save
若需要導出序列選擇consensus，全選該序列，點擊file-export-selected documents
Geneious For Mac更新日志
將bug掃地出門進行到底
優化用戶反饋的問題，提升細節體驗
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